海遊館の主な施設は、水槽です。海遊館への入館者はまず8階までエスカレーターで上がり、海遊館の回廊型の通路を4階まで下りながら、以下のような順序で鑑賞する事になる。そのため、水上と水中など、複数回鑑賞することが出来る水槽もある。

魚のとおりぬけ・アクアゲート（トンネル型水槽）：ウシバナトビエイ、ヒフキアイゴ、スズメダイ類など。日本の森：コツメカワウソ、アマゴ、オオサンショウウオなど。アリューシャン列島：ラッコ、ニジマス、クロソイなど。モンタレー湾：ゴマフアザラシ、カリフォルニアアシカ。パナマ湾：フタユビナマケモノ、ハリセンボンなど。エクアドル熱帯雨林：ピラルク、リスザル、グリーンイグアナなど。南極大陸：オウサマペンギン、ジェンツーペンギン、イワトビペンギン。タスマン海：カマイルカ。グレート・バリアリーフ：チョウチョウウオの仲間、スズメダイの仲間など。

太平洋：ジンベエザメ、オニイトマキエイ（マンタ）、クロマグロ、ネムリブカ、マサバ、ギンガメアジ、マルコバンなど。瀬戸内海：イシダイ、マダコ、マダイ、イセエビなど。ケルプの森：マンボウ、ガリバルディ、オパールアイ、カリフォルニアモーレイなど。チリの岩礁地帯：マイワシ、カタクチイワシなど。クック海峡：アオウミガメ、アカウミガメ、ピンクマオマオ、ブルーマオマオなど。日本海溝：タカアシガニ、スポッテッドラットフィッシュ、イズカサゴなど。ふあふあクラゲ館：ミズクラゲ、アカクラゲ、ギヤマンクラゲなど、と海遊館はなっています。